Das Institut knüpfte an die Vorgängereinrichtung „Projektgruppe Hochschulforschung Berlin-Karlshorst“ an, die seit 1991 die ostdeutsche Hochschultransformation begleitet hatte. Seit nunmehr 20 Jahren beteiligt sich das HoF an der Fachdebatte der Hochschulforschung und stellt Hochschulen und hochschulpolitischen Akteuren aus Politik, Verwaltungen und Verbänden reformrelevantes und reformunterstützendes Wissen in anwendungsnaher Form zur Verfügung.

HoF ist das einzige Institut, das in den ostdeutschen Bundesländern Forschung über Hochschulen betreibt. Daraus ergeben sich besondere Projekt- und Anwendungsbezüge. Gleichwohl beschränkt sich das Institut nicht auf die Untersuchung regionaler Entwicklungen. Den inhaltlichen Horizont der HoF-Arbeit markieren vier abgestufte Schwerpunkte:

• Zentral sind seit 2006 Untersuchungen zu Raumbezügen der Hochschulentwicklung im demografischen Wandel. 
• Einen weiteren langjährigen Schwerpunkt bilden Untersuchungen zu Nachwuchs, akademischem Personal und Karrierepfaden sowie Geschlechtergleichstellung.
• Ebenso bearbeitet das HoF Fragen der Hochschulorganisation und -governance, Qualitätsentwicklung an Hochschulen sowie der Hochschulbildung und Studienreform. 
• Daneben ist das HoF die einzige unter den deutschen Hochschulforschungseinrichtungen, die sich kontinuierlich auch zeithistorischen Themen – Bildungs-, Hochschul- und Wissenschaftsgeschichte – widmet.

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